柯文哲上任後籌組「軍機處」決策中樞，助他擺脫「市政門外漢」；十多名核心幕僚及高層每天召開一個半小時的晨會，一天至少釘三案，才上任三個月，已掃描近兩百件重大議題，深入市政「眉角」。
「嗡嗡嗡，上工了！」柯每天踏進市府第一件事，就是前進市長辦公室斜對面的「軍機處」。「軍機處」幕僚加核心高層，成員至少十四人。每天上午七時卅分「軍機處會議」，平均每半小時「處理」一案，一天三到四案，若重大緊急議題多，就延長為二小時。
核心高層有柯文哲及三名副市長林欽榮、鄧家基、周麗芳，還有秘書長蘇麗瓊，以及柯稱為「第四副市長」的研考會主委陳銘薰，還有三名副秘書長李文英、薛春明、林萬發依議題輪值；遇重大議題，局處長視情況進駐。
幕僚群有正副發言人林鶴明、黃大維，市府顧問張益贍、洪智坤，市長辦公室主任蔡壁如、專員邱昱凱，以及堪稱柯「政策參謀」的李博榮。
軍機處經手案子除大巨蛋案、世大運、廉政委員會、聯開公共宅、媒體勞檢等市政議題，還包括跨年、元旦、二二八紀念日等大型活動的沙盤推演，其中不乏運籌帷幄的政治問題，更掌人事案生殺大權。
會議「有話直說」，曾有成員吐槽柯文哲，上演大辯論；柯討厭「說廢話」，初期長篇大論的發言都被要求長話短說。成員透露，雖柯沒訂罰則，但幾乎沒人敢遲到。
