行政院發言人徐國勇今天表示，教育部長潘文忠請辭，行政院長賴清德勉予同意。
潘文忠發出聲明指出，對於台大校長遴選案引發的爭議，教育部在尊重大學自主與當選人種種爭議釐清之間盡全力做妥適處理，他身為教育工作者，堅持原則，絕不戀棧職位，希望他的辭職，可以讓台大校長遴選紛爭，有一個重新釐清的機會。
賴清德上午說，潘文忠在12日行政院院會向他請辭，原則予以尊重，希望為大學校長遴選畫一條線，也希望台大校長當選人管中閔出面說清楚。
潘文忠在聲明中解釋，依法行政是他從事公職堅持的重要信念，這次處理台大遴選案也是秉持同樣的精神進行適法性監督。
潘文忠提到，台大校長動見觀瞻，當選人應向社會公開澄清自己行為所引起的爭議，「這是權利，更是義務，以做為學生的典範，贏取師生的認同。」
但他認為，台大校長遴選的各項疑義，並未徹底釐清，尤其當選人赴中國大陸兼職恐涉違法，教育部做為主管機關，不調查、不釐清才是嚴重失職。然而，教育部在釐清過程中，卻經常遭到泛政治化的攻擊和污衊，更因政治的操作，徒增同仁在行政及業務執行上的壓力和負擔。
潘文忠也指出，台大遴選委員會和校務會議對各項爭議的處理，或以模糊帶過，甚至擱置不處理，當選人也不對外公開說明，任憑疑義蔓延。
他表示，希望透過辭職，讓此案回歸到單純的校長遴選程序和當選人身分適格的討論。
台灣大學校長遴選委員會1月5日選出中央研究院院士管中閔為新校長，原預訂2月1日上任，卻遭質疑擔任企業獨立董事、論文案等爭議，教育部至今未發出聘書，近日組成跨部會諮詢專案小組，釐清管中閔赴中國大陸兼職的爭議，但預定昨天召開的第二次會議，因故延期。
教育部次長蔡清華今天受訪表示，他剛接到潘文忠電話才得知請辭一事，但潘文忠僅向他表示已提出書面辭呈，並未多說。