軍方相關單位評估，推動募兵制關鍵的民國100年到104年，政府要增加1700億元支出，而募兵制104年實施後，也年要固定增加300億元支出，但目前國防部與行政院，都還不知這些預算的錢在哪裡。日前因應太平島對外募不到兵的窘境，海岸巡防署祭出志願太平島服役者加薪近8000元的新制，一年東、南沙合計僅需1986萬元志願役地域加給人事費，行政院也拿不出來。
軍方官員直言，近3年國防預算佔GDP比率都未達3%，募兵財源已亮紅燈。
國防部為強化募兵，曾規畫志願役士兵起薪為基本工資兩倍等配套措施，但目前均無推動時程可言，淪為口號，造成軍中志願役士兵招募與留營成效欠佳；當兵期滿後繼續留營服役者，近年多不到4成，如民國100年，服役期滿「再簽下去」，僅33.55%。
國防部估算，實施募兵制後，國防預算中的人員維持費，將由民國101年的1555億元逐年增加到105年的1634億元；佔國防預算比率，將從48.98%增加到54.56%，如今年國軍的人員維持費，佔國防預算比率就已經超過50%。
軍方憂心，在這個過程中，採購、研發軍備需要的軍事投資、維持現有軍事裝備所需的作業維持費，佔國防預算的比率將逐年下降，如軍事投資將從27.27%下降到23.14%，作業維持費將從22.33%下降到20.83%，都遭到因募兵制而膨脹的人員維持費排擠。
例如南沙太平島志願役官士兵對外招募困難，去年幾近掛零，海巡署向行政院主計總處呈報，要把南沙志願役官兵地域加給，從原1萬2360元調高到2萬元，東沙島也自9790元調到1萬2000元，若以東、南指揮部全志願役官兵滿編計算，合計每年僅需1986萬3000元。
但據了解，此案從年中呈報至今，主計總處以交由國防部統一呈報為由，3度退件，上月江揆聽取國防部簡報後，指示交由政務委員林政則協調，至今沒有下落。
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